Troisième île méditerranéenne en superficie, la Corse est une montagne dans la mer de 8 680 km² particulièrement découpée, avec environ 1 000 km linéaires de côtes (environ 14% du linéaire côtier national) dont les 3/4 sont rocheuses.
Le patrimoine naturel est l'atout majeur de l'île et la Corse a le privilège, rare dans cette partie de la Méditerranée, de posséder des rivages encore peu urbanisés, avec notamment d'importants secteurs vierges de tout aménagement. Le Conservatoire du Littoral y possède la superficie de très loin la plus étendue de toutes les régions littorales. De nombreuses zones littorales font l'objet de protection, les principales concernant le golfe de Porto et Sacandola, les Bouches de Bonifacio avec le Parc Marin International, l'extrémité du Cap Corse, les îles Cerbicales ainsi que l'étang de Biguglia. La richesse du patrimoine littoral justifie la politique de cartographie des fonds marins conduite activement par la Collectivité.
La population corse est caractérisée par une forte littoralisation et une concentration dans les régions d'Ajaccio et de Bastia. Les activités littorales concernant l'Ifremer sont principalement la pêche, l'aquaculture la conchyliculture et, dans une moindre mesure, le tourisme et les aménagements du littoral.
En Corse, la pêche présente un caractère artisanal marqué, mais adapté aux fonds durs et aux ressources halieutiques cantonnées dans la zone côtière. Sur 250 navires, moins de 30 navires pratiquent la pêche au-delà des trois miles.
Le secteur de l'aquaculture, avec un volume de production de 950/1000 tonnes de loups et de daurades, est une filière exportatrice de premier rang des produits corses. Il regroupe une dizaine de producteurs : 7 fermes de grossissement et 2 écloseries. Les atouts naturels du milieu littoral, l'image de qualité des eaux côtières, la proximité des marchés (Italie principalement) et le savoir-faire des entreprises permettraient d'espérer atteindre à terme le potentiel de l'île estimé à 5000 tonnes. Cependant on constate une stagnation des productions depuis plusieurs années.
La conchyliculture dans les étangs de la plaine orientale remonte à la période romaine. Actuellement, la conchyliculture corse produit, avec trois entreprises, environ 500 à 700 tonnes de moules et 50 tonnes d'huîtres, principalement (90%) dans l'étang de Diana. Cette production est essentiellement destinée au marché insulaire. La surveillance sanitaire des deux étangs est assurée par l'Ifremer. L'exploitation durable de ces étangs nécessite un suivi de leur état trophique.
La variété des paysages, la qualité des sites expliquent la forte pression touristique s'exerçant sur la Corse comparée aux autres îles méditerranéennes. Principalement balnéaire, le tourisme profite d'une bonne qualité des eaux de baignade, en dépit d'une capacité de traitement des eaux usées insuffisante, particulièrement en période estivale. Par contre, la contamination chimique est généralement faible, à l'exception de quelques zones, comme celle de l'ouest du Cap Corse, fortement affectée par des rejets miniers anciens.
L'étendue du littoral, les enjeux qui lui sont liés, la variété des problèmes rencontrés justifient les multiples demandes de soutiens techniques et scientifiques en Corse de la part des gestionnaires de l'espace et des ressources du littoral que sont la Collectivité Territoriale Corse et ses agences, l'Agence de l'Eau RMC, la DIREN, les Affaires Maritimes... En dépit d'une représentation limitée en Corse, le laboratoire fait face à ses missions par des collaborations actives avec les laboratoires côtiers de l'Ifremer en Méditerranée, tant en Environnement Littoral qu'en Ressources Vivantes et grâce à des partenariats avec les organismes de recherche en Corse, tels que l'Université, le BRGM...